يمكن اعتبار الخمائر أقدم الكائنات الحية الدقيقة الصناعية التي عرفها الإنسان، حيث تُظهر الأبحاث استخدام الخبز وأدوات صناعة الخبز في مصر القديمة. وقد وجد علماء الآثار الذين قاموا بالتنقيب في الآثار المصرية أحجار طحن وحجرات خبز، بالإضافة إلى رسومات لمخابز ومصانع جعة يعود تاريخها إلى 4,000 عام.

يتكهن الباحثون بأن خليطًا من دقيق القمح والماء تُرك لفترة أطول من المعتاد في يوم دافئ، وأن الخمائر الموجودة في الملوثات الطبيعية للدقيق تسببت في تخمّره قبل الخبز.

كان الخبز هو الجزء الأهم في النظام الغذائي للمصريين القدماء. وبما أن الأرز والذرة والبطاطس أُدخلت إلى البلاد بعد آلاف السنين، فقد اعتمد المصريون الأوائل على القمح والشعير لتوفير الكربوهيدرات التي يحتاجونها لنمط حياة صحي ونشيط. وقد كشفت المواقع الأثرية حول الفيوم عن حفر تخزين حيث كان يُحفظ الحبوب المحصودة.

خلال هذه الفترة، كان الخبازون يستخدمون حبوبًا مختلفة لإنشاء مجموعة متنوعة من النكهات في خبزهم. وكان القمح، الذي كان الحبوب الأكثر شيوعًا في مصر، يصنع أرغفة ممتازة.

لجعل خبزهم ألذ، بدأ الخبازون بتجربة مكونات مختلفة: أُضيف العسل والبيض والتمر والبذور والتوابل لإضفاء تنوع لذيذ ومحبب. وكانوا غالبًا ما يصنعون خبزهم بأشكال حيوانات مختلفة – مثل الطيور والأسماك والأبقار. وبينما كان هذا الخبز مخصصًا للاستهلاك اليومي، كان لبعضه أهمية خاصة في الطقوس.